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（一）负责制定全县卫生事业发展规划，资源配置计划和年度计划，并组织实施和督查。
（二）贯彻执行党和国家关于卫生工作的法律、法规和方针、政策，依照有关法律法规，对执法相对人进行监督检查、办理执业许可证和受理行政复议等事宜。
（三）协调社会各种力量，组织开展农村初级卫生保健和健康促进、健康城市建设工作，倡导全新健康理念，提高市民生命和生活质量。
（四）实行辖区内卫生全行业管理，规范全市城乡医疗卫生机构的建设，组织评估卫生机构的质量，协调各级各部门开展血吸虫病、地方病、寄生虫病等各项预防保健和社区卫生服务工作。
（五）贯彻执行中医政策和中西医结合方针，发扬昆山中医、中药特色，继承、弘扬祖国传统医药学。
（六）依据国家医药卫生法律法规及各项技术、质量标准，对全市公共卫生、劳动卫生、食品卫生和化妆品、医用生物制品、生物材料等健康相关产品；对水、空气等涉及人体健康的自然资源实施卫生监测与检测。
（七）遇有重大突发性事件和自然灾害，在市政府统一领导下，组织调度全市卫生技术力量，在相关部门配合下抢救伤病员，防止和控制疫病的发生和蔓延。
（八）依法实施执业医师资质认定、考试和执业医师注册等工作。实施医药卫生技术人员和管理人员的职业道德规范，进行职业道德教育，促进卫生行业的精神文明建设。
（九）加强对政府举办的医疗卫生机构国有资产的监管；合理安排与使用卫生事业经费；建立政府购买公共卫生产品的机制；宏观指导全市医疗卫生单位的经济核算管理与财务审计。
（十）制定全市医药卫生科研计划与人才培养计划，组织医药卫生科研的攻关及组织成果鉴定和推广，促进学术交流。负责指导全市医药卫生类学术团体的业务工作。
（十一）负责组织、协调全市离退休干部、国家公务员的保健工作；参与制定全市社会医疗保障制度及实施方案；负责全市重大活动的医疗保健、卫生安全保障工作。
（十二）负责全市卫生外事工作，组织进行医药卫生科技国际交流和合作；组织医学卫生人才对外交流。
（十三）负责制订全市医疗卫生机构大型医疗设备的配置计划，并组织实施，负责全市医疗机构开展药事和临床药学管理与研究。
（十四）依法负责组织、协调有关部门共同做好公民无偿献血工作。
（十五）会同市劳动和社会保障部门实施对定点医疗机构监督管理、参保病人的转诊管理。
（十六）承办市政府交办的其他事项。
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