在县委、县政府的领导下贯彻执行国家卫生工作的方针政策和法律法规，依法对全县各级各类医疗卫生机构实施监督管理，研究指导医疗卫生机构运行机制改革，完善卫生服务体制。
编制并指导实施全县卫生事业发展规划，统筹规划和协调全县卫生资源的配置，统筹协调指导区域卫生规划的实施。负责全县医疗卫生单位基本建设、国有资产和卫生专项投资的监督管理工作。
依据卫生法律法规，监督管理传染病防治和食品、职业、环境、学校、放射、公共场所、化妆品卫生；依法对各级各类医疗卫生机构和卫生人员进行监督管理和监督执法；普及卫生法律法规知识；负责对卫生执法的监督。
制订全县卫生行业在教育培训规划并指导、实施。
贯彻落实中医、中西医结合的方针、政策，制订全县中医发展规划，推进中医药的继承与创新，实现中医药现代化。
贯彻预防为主的方针，组织开展全民健康教育；负责对重大疾病包括传染病、慢性非传染疾病、地方病、寄生虫、职业病的防治，负责全县爱国卫生和地方病防治工作的检查、监督和指导。
检查、监督和指导农村卫生、社区卫生服务、妇女、儿童保健、基层卫生组织建设、负责乡镇卫生院院长的选拔、任免、考核。指导和管理新型农村合作医疗，实施初级卫生保健。
组织实施医疗卫生服务质量标准和服务规范，负责全县医疗机构业务技术指导，药事管理。办理初、中、高级专业技术职务的申报工作。调解医疗纠纷，组织医疗技术鉴定前的准备工作。开展卫生职业道德教育，加强行业精神文明建设。
遇有重大突发事件的自然灾害，组织组调度全县各级卫生技术力量，组织抢救伤病员，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生和蔓延。组织接受上级捐赠的救灾防病药品、设备、经费等。
承担县爱国卫生运动委员会及县红十字会和各类卫生学会的日常工作。承办县委县政府交办的其他工作。 医疗卫生机构
由政府政府举办的医疗卫生机构合计20个
1、县直医疗卫生单位7个，县医院（二等乙级医院），县中医院（二等甲级中医院），为差额事业单位；疾病预防控制中心、卫生局卫生监督所、血吸虫病防治站、妇幼保健所、县卫生进修学校为全额事业单位。
2、乡镇医疗机构有繁阳、荻港、孙村、平铺、新港中心卫生院，峨山乡卫生院，另有马坝、横山、高安、芦南、黄浒、赤沙、新林卫生分院，均为差额事业单位
3、村级医疗机构200个
二、人员结构

截止2005年底，医疗卫生单位在编职工770人，其中县直医疗卫生单位530人，乡镇卫生院240人。县直医疗卫生单位各类专业人员按学历分研究生1名、大学本科学历83人、大专学历110人、中专学历268人。乡镇卫生院各类专业人员按学历分，大学本科学历的3人、大专学历的61人、中专52人。村级医疗机构有从业人员216人。 内设职能科室
办公室：负责机关事务、人事工作、会议组织、文电处理、档案管理、人事统计及机关后勤工作，指导全县卫生技术人员职务评聘和干部考核，办理人员调动、劳动工资、退休退职、职工丧葬抚恤、遗属补助及议案办理工作，接待来信来访。
医政科：依据国家卫生法律、法规，编制卫生事业发展规划，协调卫生资源配置，对全县医疗卫生机构进行监督、检查和指导，办理医疗机构执业许可手续，监督医疗机构的医疗质量和服务质量，调解医疗纠纷，负责医学教育，药事管理。承担红十字会和各类卫生学会的日常工作及卫生统计，指导医疗机构对重大人员伤亡事件实施紧急救护。组织督查、落实卫生系统行风建设。
预防保健监督科：依法对职业病、食品、学校、环境、放射、公共场所、化妆品保健卫生实施卫生监督；负责重大公共卫生事件的调查处理和卫生稽查工作；负责医疗机构、母婴保健机构及传染、地方病、职业病等防治的监督工作。承办县爱卫办日常工作，指导农村改水改厕工作。
计划财务科：负责拟定全县卫生事业发展规划；负责编制全县卫生事业费预算、决算，对县直医疗卫生单位及乡镇卫生院的卫生事业费和专项经费的使用进行监督管理；负责各医疗卫生单位的服务价格管理和监督；负责指导监督各基层医疗卫生单位基本建设、设施装备计划；负责全县农村卫生三项建设规划和年度计划的实施；管理机关与基层单位的国有资产；负责所属单位的财务内审工作；负责卫生统计工作。